Flaviano pertencia à alta aristocracia romana e era convertido ao cristianismo. Na época do Imperador Constantino, foi eleito governador de Roma, dadas a sua grande inteligência e boa moral. Quando, porém, o imperador morreu e em seu lugar assumiu seu filho Constâncio, este deu início à perseguição dos cristãos e, logo, Flaviano foi destituído de seu cargo.

Ele, porém, não se intimidou e passou a dedicar seus dias a confortar e estimular os cristãos. Morto Constâncio, assumiu Julião, que deu continuidade à perseguição, empreendendo-a ainda com mais ênfase. Flaviano que já era um sacerdote cristão se destacava muito pela prática radical do Evangelho e por sua defesa contra os hereges.

Assim, em 446 foi eleito patriarca de Constantinopla, que na época era capital do Império Romano, já que o mundo católico se via estremecido por agitações político-religiosas e sua atuação poderia reverter este processo. Flaviano assumiu com mão de ferro o posto, mas em seu primeiro ato oficial já pode ter uma ideia dos conflitos que viriam.

Era costume o patriarca, assim que assumia, mandar um presente simbólico ao imperador. Ele enviou então um pão bento durante a missa solene, como símbolo de paz e concórdia. O primeiro-ministro mandou o pão abençoado de volta, dizendo que só aceitaria presentes em ouro e prata. Flaviano respondeu que o ouro e a prata da Igreja não pertenciam a ele, mas a Deus e aos pobres, seus legítimos representantes na Terra. Tanto o imperador quanto o ministro juraram vingança, e as pressões começaram.

Flaviano enfrentou várias dissidências que depois seriam consideradas heresias em concílios realizados para julgá-las. Entre elas, a mais significativa foi a que queria tirar de Jesus seu caráter humano. Isso significaria aceitar que a divindade de Jesus teria assimilado e absorvido sua humanidade. Flaviano conseguiu o apoio do Papa Leão Magno, em Roma, mas foi traído pela parte do clero que defendia a tese.

Nenhuma das decisões conciliares foi aprovada pelo papa, a não ser o chamado Tomo a Flaviano, carta enviada pelo papa São Leão Magno ao presidente do concílio, condenando as heresias de Nestório e de Eutiques.

Flaviano foi praticamente assassinado durante a assembleia ecumênica que, por isso é chamada o conciliábulo de Éfeso. Isto mesmo, maus religiosos se uniram aos políticos e os inimigos conseguiram sua deposição do cargo. O bispo Flaviano foi preso e ali mesmo torturado tão cruelmente que ele não aguentou e, logo depois, veio a falecer vítima delas, no dia 18 de fevereiro de 449.

Dois anos depois, o Papa Leão Magno, que também é venerado pela Igreja, convocou um concílio, onde a verdade foi restabelecida. Aceitavam-se as duas naturezas de Jesus, a divina e a humana e os contrários foram declarados hereges. No mesmo concílio a figura do bispo Flaviano foi reabilitada e ele declarado mártir pela ortodoxia da fé cristã. O culto à São Flaviano se mantém vivo e vigoroso ainda hoje e sua festa litúrgica ocorre no dia de sua morte.