A história da colonização cubana conta que, em 1509, um certo soldado espanhol estava muito doente e foi levado do oeste da Ilha, onde estava, para ser tratado pelos curandeiros da tribo indígena da região da Macaca. Ele sarou, mas o tratamento foi lento. O soldado, durante a recuperação, aprendeu a língua dos nativos e lhes ensinou o Evangelho de Cristo. Depois, estimulou os índios a erguerem uma pequena igreja para as preces comunitárias. No altar, eles colocaram o crucifixo e o "santinho" com a imagem da Virgem Maria, que o soldado lhes dera. Com o tempo, ao redor dessa capela, surgiu uma nova vila, atual El Cobre.

No início do século XVII, segundo a antiga tradição, Nossa Senhora teria manifestado um especial sinal a estes queridos filhos, permitindo que três humildes pescadores encontrassem sua imagem flutuando nas águas agitadas do alto mar do Caribe. Os dois irmãos índios, João e Rodrigo de Hoyos, mais o escravo João Moreno, um menino de 10 anos de idade, avistaram algo no meio das águas. Após confundirem a imagem com uma gaivota morta, com alegria, recolheram a estátua de Nossa Senhora com o Menino em seus braços, que trazia sob os pés uma plaqueta com os dizeres: "Eu sou a Virgem da Caridade".

Desde a aparição da imagem, uma grande devoção se propagou por toda a Ilha de Cuba. O povo preferiu que a Virgem fosse venerada no antigo Templo Paroquial do Cobre, que fora construído pelos índios e o soldado espanhol. Nossa Senhora da Caridade do Cobre, como era invocada pelos devotos, foi declarada Padroeira de Cuba, pelo papa Bento XV, cuja festa fixou em 8 de setembro, data em que foi encontrada no mar.

Porém, a partir de 1960, após a Revolução Cubana, o regime comunista de exceção proibira as procissões e outras manifestações públicas de fé. Isto só fez aumentar esta devoção, que se propagou com as famílias cubanas exiladas. Em 1977, contrariando esta política, o papa Paulo VI elevou o Santuário Nacional de Nossa Senhora da Caridade do Cobre à categoria de Basílica.

O papa João Paulo II anunciou sua visita apostólica à ilha de Cuba em 1997. Após a histórica visita do Sumo Pontífice a Cuba, o governo revogou a antiga proibição aos cultos públicos e procissões em todo o país.