O santo mártir aparece na prece eucarística. Entretanto, com o novo calendário, seu culto é limitado à basílica romana a ele dedicada, que se ergue na avenida Trastévere. A Paixão contém os habituais embelezamentos legendários, por isso é difícil colher nela qualquer notícia histórica aceitável.

Crisógono é definido como 'vir christianissimus'. E de tal maneira coerente com a própria fé, que não se deixou seduzir pelo cargo honorífico do consulado — que lhe fora oferecido pelo imperador Diocleciano em pessoa, quando estava de passagem por Aquiléia, com a condição de que renegasse a Cristo e queimasse alguns grãos de incenso no altar de Júpiter.

Ante sua recusa, o “cristianíssimo” Crisógono foi preso na casa de um certo Rufino, que o devia manter confinado à espera de um processo. Rufino terminou sendo convertido por seu prisioneiro, e compartilhou com ele a mesma sorte, isto é, a decapitação. O corpo do mártir foi sepultado pelo presbítero Zoilo em uma galeria subterrânea, escavada sob sua casa.