Foi através do trabalho evangelizador de São Francisco Xavier que o Japão tomou conhecimento do cristianismo, entre 1549 e 1551. A semente frutificou e, apenas algumas décadas depois, já havia pelo menos trezentos mil cristãos no Império do sol nascente. Mas se a catequese obteve êxito não foi somente pelo árduo, sério e respeitoso trabalho dos jesuítas em solo japonês. Foi também graças à coragem dos catequistas locais, como Paulo Miki e seus jovens companheiros.

Miki nasceu em 1564, era filho de pais ricos e foi educado no colégio jesuíta em Anziquiama, no Japão. A convivência do colégio logo despertou em Paulo o desejo de se juntar à Companhia de Jesus e assim o fez, tornando-se um eloquente pregador. Ele porém, não pôde ser ordenado sacerdote no tempo correto porque não havia um bispo na região de Fusai. Mas isso não impediu que Paulo Miki continuasse sua pregação. Posteriormente tornou-se o primeiro sacerdote jesuíta em sua pátria, conquistando inúmeras conversões com humildade e paciência.

Paciência, essa que não era virtude do imperador Toyotomi Hideyoshi. Ele era simpatizante do catolicismo mas, de uma hora para outra, se tornou seu feroz opositor. Por causa da conquista da Coreia, o Japão rompeu com a Espanha em particular e com o Ocidente em geral, motivando uma perseguição contra todos os cristãos. Inclusive perseguindo alguns missionários franciscanos espanhóis que tinham chegado ao Japão através das Filipinas e sido bem recebidos pelo Imperador.

Os católicos foram expulsos do país, mas muitos resistiram e ficaram. Só que a repressão não demorou. Primeiro foram presos seis franciscanos, logo depois Paulo Miki com outros dois jesuítas e dezessete leigos terciários.

Os vinte e seis cristãos sofreram terríveis humilhações e torturas públicas. Levados em cortejo de Meaco a Nagasaki foram alvo de violência e zombaria pelas ruas e estradas, enquanto seguiam para o local onde seria executada a pena de morte por crucificação. Alguns dos companheiros de Paulo Miki eram muito jovens, adolescentes ainda, mas enfrentaram a pena de morte com a mesma coragem do líder. Tomás Cozaki tinha, por exemplo, catorze anos; Antônio, treze anos e Luis Ibaraki tinha só onze anos de idade.

A elevação sobre a qual os vinte e seis heróis de Jesus Cristo receberam o martírio pela crucificação em fevereiro de 1597 ficou conhecida como Monte dos Mártires. Paulo Miki e seus companheiros foram canonizados pelo Papa Pio IX, em 1862.

Os crentes se dispersaram para escapar dos massacres e um bom número deles se estabeleceu ao longo do rio Urakami, nas proximidades de Nagasaki. Lá eles continuaram a viver sua fé, apesar da ausência de padres. A partir do momento em que o Japão se abriu novamente aos europeus, os missionários voltaram e as igrejas voltaram a ser construídas, inclusive em Nagasaki, a poucos quilômetros da comunidade cristã clandestina. Ela havia perdido todo contato com a Igreja Católica, mas guardava preciosamente três critérios de reconhecimento recebidos dos ancestrais: 'Quando a Igreja voltar ao Japão, vocês a reconhecerão por três sinais: os padres não são casados, haverá uma imagem de Maria e esta Igreja obedecerá ao papa-sama, isto é, ao Bispo de Roma'. E foi assim que aconteceu dois séculos e meio depois, quando os cristãos do Império do sol nascente puderam se reencontrar com sua Santa Mãe, a Igreja.